Según el diccionario de la Real Academia Española, las dos formas son correctas. Significan lo mismo y se usan para la misma descripción. Solamente es que en América Latina se suele usar más "en...la mañana, la tarde, la noche" y en España se usa más ¨por...la mañana, la tarde, la noche" incluso en España también se usa "a...la tarde, la noche" Todos son correctos :-)