"Там отличается еда, но и цены тоже."
and
"Там отличается еда и цены." are same..
"Там отличается еда, а цены" do you think that you ask the right question ... Or What ? If you ask ! That will be "Там отличается еда, а цены нет." or "Там отличается еда. а какие там цены?"
"Там отличается еда, а цены нет." its means "there food is different, but price don't"
"Там отличается еда. а какие там цены ?"- "There is different food, what prices there are?"