Domanda difficile. Ci provo. Entrambe le versioni sono accettate nel parlato, mentre nello scritto si tende a usare solo la seconda. Nel parlato, la prima frase è molto comune specialmente fra conoscenti, amici, familiari. Significa "non ho capito di cosa stai parlando". La seconda frase ha una sfumatura diversa: quando di usa si prendono le distanze da quello di cui l'altra persona sta parlando.

The first one in an idiomatic expression, meaning that this verb is often used with the following noun to express a precise concept. "Mi è costato un occhio della testa" = it cost me an arm and a leg. "Mi è costato una fortuna" = (the same as above) In this case, it means that several people have died. This idiomatic expression is used especially when talking about accidents, natural disaster and the like. Ex:" Un sorpasso pericoloso gli è costato la vita". "Quello stupido errore gli è costato la vita" The second expression means "instead of". Ex: "Sarei andato al mare invece che in montagna" = I would have gone to the sea, instead of the mountain. I hope the translation is right!