Domanda difficile. Ci provo. Entrambe le versioni sono accettate nel parlato, mentre nello scritto si tende a usare solo la seconda. Nel parlato, la prima frase è molto comune specialmente fra conoscenti, amici, familiari. Significa "non ho capito di cosa stai parlando". La seconda frase ha una sfumatura diversa: quando di usa si prendono le distanze da quello di cui l'altra persona sta parlando.

La tua frase è una Proposizione Interrogativa Indiretta - facile da confondere con le P Soggettiva e Oggettiva ; in ogni caso l'uso del Cong o dell'Ind non è definito per queste tipologie, a differenza di come era in Latino. La qualità delle tua domanda è veramente molto accademica e per questo possiamo invocare una risposta a siti come l'Accademia della Crusca o simili: citazione da: http://www.treccani.it/enciclopedia/proposizioni-interrogative-indirette_%28La-grammatica-italiana%29/ • In forma esplicita presentano il verbo all’indicativo, al congiuntivo o al condizionale Gli domandai come stava Non sapevo se fosse una buona idea Si chiedeva cosa sarebbe successo se fosse arrivato il nuovo direttore • In forma implicita, invece, presentano sempre il verbo all’infinito

(vedi sotto)

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