意味はほぼ同じだと思いますが、ニュアンスが少し違います。 １・青木主任は、午後なら何時でも構わないと言っていました。⇒言った内容を誰かに伝えています。 ２・青木主任は、午後なら何時でも構わないと言いました。　⇒言った事実を単に述べています。 誰かに青木主任のコメントを単に伝える目的での発言であれば、１の言い回しが自然だと思います。 一方、２は青木主任が言った事実を強調したいときに言う言い方になるかと思います。 もしこの説明が分かりにくければ、また質問してください。

It's difficult for me to explain grammatically. But you can take in it in this way: 言っていました →Aoki said that he can meet us in afternoon. 言いました →Aoki said "I can meet you in afternoon ".