Olá, vou colocar como eu falaria aqui no Brasil, não tenho certeza se é a forma gramaticalmente mais correta.

Discurso direto e indireto

Direto
O meu irmão contou-me o seguinte:
- Ontem, a Ana chegou tarde e nem sequer me falou.
Indireto
O meu irmão contou-me que ontem, a Ana tinha chegado tarde e nem sequer falou com ele.

Direto
Ela perguntou ao primo:
- Queres ficar a jantar connosco?
Indireto
Ela perguntou ao primo se ele queria (ou é mais correto no conjuntivo 'quisesse'?) ficar a jantar com eles. Aqui no Brasil, usamos o "queria".

Discurso direto e indireto

O cliente disse que ele queria as calças que estavam na montra. O "estiveram" seria utilizado se o discurso direto fosse "Queria as calças que estavam na montra".

Direto
Os jogadores afirmaram:
- Amanhã jogaremos melhor e ganharemos o jogo.
Indireto
Os jogadores afirmaram que o dia seguinte jogariam melhor e ganhariam o jogo.

O correto seria "Os jogadores afirmaram que NO dia seguinte jogariam melhor e ganhariam o jogo"

Direto
A mãe ordenou ao João:
- Come o pão que está aqui e arruma a cozinha
Indireto
A mãe ordenou ao João que coma o pão que estava ali e arrume a cozinha.

A mãe ordenou ao João que COMESSE (tempo pretérito imperfeito do modo subjuntivo) que estava ali e ARRUMASSE a cozinha.

Direto
O meu irmão contou-me o seguinte:
- Ontem, a Ana chegou tarde e nem sequer me falou.
Indireto
O meu irmão contou-me que no dia anterior, a Ana tinha chegado tarde e nem sequer se falou.

(...) A Ana tinha chegado tarde e nem sequer LHE falou. O pronome "se" é sempre reflexivo, quando o sujeito e o objeto são idênticos. Ex.: José é otimista, vive se dizendo que tudo vai dar certo / José encorajou Rita e lhe disse que tudo daria certo. 

Apenas registro que, no português coloquial do Brasil, raramente se diz na língua falada o pronome "lhe" com o verbo falar. Normalmente se diz "falar com Fulano", e não "Falar a Fulano". Você provavelmente escutaria de um brasileiro "(...) e nem sequer falou com ele". Em Portugal o pronome "lhe" é mais utilizado, creio eu.


Direto
Ela perguntou ao primo:
- Queres ficar a jantar connosco?
Indireto
Ela perguntou ao primo se ele queria (ou é mais correto no conjuntivo 'quisesse'?) ficar a jantar com eles.

Está correta a frase, utiliza-se o tempo pretérito imperfeito do modo indicativo, "queria". Apenas observo que o nome do modo é subjuntivo, e não conjuntivo.

Bons estudos!

PT - BR

Direto
O cliente disse:
- Quero essas calças que estão na montra [?].
Indireto
O cliente disse que quer as calças que estiverem na montra.

Direto
Os jogadores afirmaram:
- Amanhã jogaremos melhor e ganharemos o jogo.
Indireto
Os jogadores afirmaram que, no dia seguinte, jogariam melhor e ganhariam o jogo.

Direto
A mãe ordenou ao João:
- Come o pão que está aqui e arruma a cozinha
Indireto
A mãe ordenou ao João que comesse o pão que estava ali e arrumasse a cozinha.

Direto
O meu irmão me contou o seguinte:
- Ontem, a Ana chegou tarde e nem sequer falou comigo.
Indireto
O meu irmão me contou que, no dia anterior, a Ana tinha chegado tarde e nem sequer falou com ele.

Direto
Ela perguntou ao primo:
- Quer ficar para jantar conosco?
Indireto
Ela perguntou ao primo se ele queria ficar para jantar com eles.