1. Ils craignent qu'on ne les entende. 

3. Ils craignent qu'ils ne sont soient mal entendus. (Ils ont peur qu'on n'entende pas bien)
        Il est plus courant de dire "Ils craignent d'être mal entendus"

4. J'ai crains que tu n'aies pas bien compris bien de quoi on parle.
5. Elle a changé. Je crains que tu ne la reconnaîtras reconnaisse pas.
6. Je l'a Je lui ai passé un coup de fils plusieurs fois mais personne n'avait décroché ne décrochait, je crains qu'il n'est ne soit parti.
        Il serait plus correct de dire "Je l'ai appelé plusieurs fois" ou "J'ai appelé plusieurs fois": on n'utilise "coup de fil" que pour un seul appel.

7. Il est très frivole(irréfléchie), je crains qu'il ne fais des fasse de bêtises.
8.Ils ne savent connaissent pas bien le forêt, je crains qu'il se perdent.
        "Savoir" est généralement utilisé pour des connaissances, des compétences... Des informations en gros. "Je sais écrire" "Je sais où tu habites"
        "Connaître" est utilisé pour des lieux, des personnes, ou quelque chose que l'on sait faire. "Je connais mon métier" "Je connais la forêt" "Je connais Martin"

9. On ne nous laisse pas seuls, maman craint que nous ne nous perdent perdions.
10. On lui cache tout, on craint qu'il ne découvre la vérité.
11. Il craint que nous ne pourrons puissions pas exécuter votre mission, vous nous avez nous prévenus trop tard.
12. Vous craignez qu'il ne vous dirai dise pas la véritable raison de son refus.
13. Simon n'est pas encore là, je crains qu'il n'a pas attrapé la maladie( il n'est pas tombé malade)
14. Je crains que vous aurez  ne soyiez déçus, mon appartement est très modeste.

Je pars de la correction de Maha, j'ai ajouté une ou deux remarques en vert 

A noter que si la proposition principale est négative, on n'utilise plus le "ne" : "Ils ne craignent pas qu'on ne les entende" 

4. J'ai crains (c'est soit "Je crains", soit "J'ai craint) que tu n'aies pas bien compris bien de quoi on parle. 

5. Elle a changé. Je crains que tu ne la reconnaîtras reconnaisses pas. 
6. Je l'a Je lui ai passé un coup de fils plusieurs fois mais personne (je dirais plutôt : "n'a décroché ") n'avait décroché ne décrochait, je crains qu'il n'est ne soit parti.   

7. Il est très frivole(irréfléchie), je crains qu'il ne fais des fasse des bêtises. 
8.Ils ne savent connaissent pas bien la forêt, je crains qu'ils ne se perdent.

11. Il craint que nous ne pourrons puissions pas exécuter notre mission (ou : la mission que vous nous avez confiée), (car) vous nous avez nous prévenus trop tard. 

13. Simon n'est pas encore là, je crains qu'il n'ait attrapé la maladie (telle qu'elle est, ta phrase n'est pas logique : si Simon n'a pas pu venir, c'est qu'il était malade ...et tu crains qu'il soit malade, pas qu'il soit en bonne santé ! ) 
14. Je crains que vous aurez  ne soyez déçus, mon appartement est très modeste.  ("y" est en quelque sorte l'équivalent de deux "i" , soyez = soi-iez), on n'a pas a ajouter un autre "i" au subjonctif..