「だから気持ちは分かる」の意味は、 エレベーターに乗り合わせるときに嫌な顔をしたり舌打ちする理由は、3人も乗ると窮屈に感じるほど狭いエレベーターなので、その気持ちはわかる。 という意味です。 それに「のだが」が付いて「それはどうなんだと思ってしまう。」につながります。 「嫌な顔をしたり舌打ちする理由はわかるけれども、そんなことをするのはどうなんだ（よくないだろう）。」ということですね。