Hola! Es una gran pregunta y hay varias cosas que podemos comentar.
En o por: básicamente son lo mismo cuando se trata del tiempo. Hasta dónde entiendo “por” es más usado en España y en es más usado “en”América, por lo menos así es en México, aunque también podemos escuchar leer frases como “por la mañana”. Entonces es muy similar decir cosas como:
“Trabajo en las noches” o “Trabajo por las noches”. Estas frases expresan la frecuencia con la que realizamos la acción.
Creo que durante de alguna forma hace más referencia al momento en el que se realiza la acción, por ejemplo: “escuché algunos ruidos extraños durante la noche” aunque suena similar a “escuché algunos ruidos extraños por la noche”, durante expresa repeticiones, es decir que probablemente escuché los ruidos varias veces.