1. In questo caso usi l'imperfetto per dare un senso di abitudine e continuità.
2. Penso che sia più corretto ce ne sono perché il ne indica le librerie. Quindi se usassi "no, non ci sono" per essere precisi dovresti aggiungere dopo sono "librerie" ("no non ci sono librerie").
Ad ogni modo, nel parlato per quanto mi riguarda puoi usare indifferentemente uno o l'altro - io faccio così.
3. Per questa io userei sulla. Non riesco a spiegarti il perché perché non lo so nemmeno io; è solo una questione di come mi suona. Mi viene da dirti che "sulla" dà un sensazione "più ampia" e "della" invece "più ristretta"- mi rendo conto che probabilmente non vuol dire niente , ma non riesco a spiegarmi altrimenti.
Se non vuoi sbagliarti puoi dire sempre " Al mercato impariamo tante cose riguardo la natura" (in questo modo però sembrerai un po' più formale).