1. Sie hat das gut gekonnt --> She could (do) that well. Personally, I'd put können in the preterite. Sie konnte das gut (machen/tun).
2. Sie hat das gut machen können. --> Same as number 1. Again, I'd say... Sie konnte das gut machen.
3. Sie soll immer zu spät zum Unterricht gekommen sein. --> She is supposed to have always come late to class. I agree, it doesn't make sense. But again, to streamline this, I'd put sollen in the preterite to simplify gekommen sein... Sie sollte immer zu spät zum Unterricht kommen.