Первый ответ, который приходит на ум - так исторически сложилось. А если серьезно, то русский звук "Х", на мой взгляд, сильно отличается от латинского "H". По положению языка и способу произношения "Г" больше подходит. Плюс в южно-русском говоре "Г" все-таки немного похожа на "H". Возможно наши предки и произносили его так. В последствии язык поменялся, a транслитерацию оставили.
А вообще вопрос требует детального рассмотрения. Предлагаю Вашему вниманию следующие вопросы: почему в испанском "J" произносится как "Х", во французском "tion" как "сьон", а в англиском как что-то вроде"шн"?)))