Las dos formas son correctas pero están en diferentes tiempos verbales. Además, si con esa frase te refieres a que tú te estás duchando, es importante poner el pronombre; "me estaba/estuve duchando". También es posible que estés duchando a alguien, como a un niño pequeño. Entonces dirías "estaba/estuve duchando a ... " En cuanto a los tiempos, la diferencia de uso es bastante sutil. "Estuve" es pretérito perfecto simple y se refiere a una acción terminada, enmarcada en un periodo de tiempo. Por ejemplo, se diría " Me estuve duchando durante 20 minutos." La acción ha tenido una duración concreta de 20 minutos y ya está terminada. "Estaba" es pretérito imperfecto y se refiere a una acción en desarrollo, sin duración concreta. "Me estaba duchando cuando sonó el teléfono." En esta frase, la ducha no tiene una duración concreta y utilizando este tiempo verbal no es posible concretar dicha duración. Espero que te sirva de ayuda :)