Bonsoir !
1. (Expression familière) S'y mettre = commencer, se motiver à faire
Le "y" remplace "à faire" = > se mettre à faire
2. "pour préparer" est l'objectif, ce n'est pas connecté au verbe.
Vous pouvez donc dire :
"Il faut encore faire des petits biscuits et s'y mettre pour préparer les pains d'épice" (la phrase est un peu étrange, j'ajouterais "et s'y mettre rapidement/vite", on comprendrait le sentiment d'urgence, et le sous-entendu qu'on n'a pas encore commencé les pains d'épice et qu'on est en retard)
"Il faut encore faire des petits biscuits et se mettre à préparer les pains d'épice". (Ici on parle simplement de commencer à préparer les pains d'épice).
Bon appétit (=