Non c'è una reale motivazione, il motivo è semplicemente la consuetudine ( la lingua italiana è piena di eccezioni che rendono tutto un pò più complicato , lo so :S). Comunque la regola vuole che "in" senza l'articolo venga usato per luoghi non specifici, con l'articolo (Esempio: Nella [in+la]) invece si voglia specificare un luogo ben definito. Ma questa regola non viene spesso rispettata :D Per quanto riguarda i tuoi esempi: 1) "Il pesce vive in acqua" può essere anche "Il pesce vive nell'acqua" sono tutte e due forme corrette. 2) "Il gatto vive in casa". Per quanto riguarda abitazioni, luoghi di lavoro si tende ad usare "in" senza l'articolo quando non si vuole specificare di quale casa, ad esempio, si stia parlando. Esempio: " Luigi sta in chiesa" è corretto perchè nella frase non specifico quale chiesa sia. Invece se voglio specificare il nome della chiesa: " Luigi sta NELLA chiesa di San Pietro". Ok? Comunque dipende anche dalle persona con cui si parla. Nel nord Italia si usa l'espressione " Sto a studio" (studio medico) che molti considerano sbagliata perchè l'espressione corretta è "Sto IN studio" ma è comunque molto usata. Altri casi in cui si usa "in" sono: In Oriente, In Occidente, In alto, In basso, In macchina, In Cina (e nazioni in generale)... La domanda che hai formulato si comprende ma ripassa bene come si scrivono le parole :D Ad esempio: " L'orso vive nel bosco"