Em "eu costumava ler o Nyt" dá a idéia de uma ação habitual no passado que já não eh um hábito no presente por ter sido trocado ou modificado por outro. Normalmente vem acompanhado de uma frase que indica a mudança nesse hábito, por exemplo, "eu costumava ler o NYT, mas parei porque não encontrava mais com facilidade nas bancas". Já quando usamos o "eu lia o Nyt" a idéia que se transmite é a de um fato acabado no passado e que costuma vir acompanhado de uma marca temporal. Exemplo: "Eu lia o NYT na epoca da faculdade", nesse caso, temos a idéia de que a faculdade já acabou e com isso a prática de ler também, não tendo sido substituída por outro hábito. Espero ter ajudado.