El pronombre neutro "El" (al menos el más general) es correcto en esa oración, puesto que se acompaña a un verbo (en este caso "acostarse"). Al ser verbos, no influye el género de la palabra al artículo general. Por ende, se utiliza "El" para verbos. Para adjetivos si se emplea el uso del género. La oración correcta sería: El hecho de acostarse siempre muy tarde no es bueno O El acostarse muy tarde no es bueno. Espero te haya servido :)