まず、「される」は「する」の受身形ですよね。「する」にした場合、ｘは日本語の閉鎖性を問題にするとなります。しかし問題なのは、問題にするのが特定の人ではないということです。それゆえ、受け身にした方が自然ですね。さらに、受け身には悪い事が発生した時よく使われるという意味でも、その表現は適切です。

受身形を使わない場合、「（私は）日本の大学の閉鎖性を問題だと思う」「評論家の○○氏は日本の大学の閉鎖性を問題にしている」のように、特定の人が主語になります。 受身形を使えば主語（動作主）を明示しなくても良いので、「これは私が言ってるんじゃなくて」と責任を回避しつつ、「誰とは言えないけど世間の人がよくそう言ってるんだ」と曖昧かつ説得力ありそうに言いたいときに便利なのです。新聞記事などで、情報源を隠したいときや情報源が不確かなときによく使われます。