Фраза "мы были не друзья" кажется мне незавершённой. Если мысль на этом закончена, я скорее скажу "мы не были друзьями". Если я скажу "мы были не друзья", то дальше продолжу: "мы были не друзья, а просто коллеги", например. Но и здесь можно было бы использовать творительный падеж: "мы были не друзьями, а коллегами".

1) вариант - мы не были друзьями. Отлично! 2) вариант звучит некрасиво, можно сказать мы были просто приятелями ( соседями, коллегами) или мы были врагами, соперниками....

Привет! В данном случае меняется лексическое значение фразы, но грамматическое значение в таких случаях не меняется. Поэтому падеж сохраняется.

Please ignore the final "не"!!!