La phrase "Ce qui te ne vois pas avec tes yeux..." n'est pas correcte. Sans connaître le contexte, il est difficile de déterminer quelle serait la bonne formulation. Cependant, la phrase plus logique me paraît être : "Ce qui ne se voit pas avec les yeux" (littéralement : lo que no se ve con los ojos). Autre possibilité, un peu plus éloignée : "Celui qui ne te voit pas avec les yeux" (él que no te ve con los ojos). Pour répondre à la question du "qui" et du "que", le "qui" est nécessaire ici parce que c'est le sujet du verbe "voir". "Que" est habituellement utilisé comme complément (comme dans la phrase "Ce que tu ne vois pas avec tes yeux...") et non comme sujet.