Не очень поняла смысл первого предложения, но сделаю предположение 1. Я изучаю углубленную философию/ психологию 2. Когда на самом деле я имею в виду

1. Я изучаю расширенный курс/продвинутый курс Философии и Психологии 2. Когда на самом деле, я хотел/я намеревался/я планировал сказать

1. Usually we don't say such, we use some about: I have complex course of philosophy (psychology) - у меня углубленный курс философии (психологии) or there is complex philosophy (psychology) course on the my faculty (in my curriculum, in my class, etc) - на моём факультете углубленный курс философии (психологии) 2. Когда я действительно хочу сказать.

1. Продвинутая философия (advanced). Сложный раздел философии (a complex branch). Запутанная, мудрёная философия (complicated). If it is about a course, I'd say "У меня продвинутый курс философии", OR "у меня углубленный курс философии", OR "у меня расширенный (extended) курс философии". It is is about a difficult branch/topic that you're learning today, I'd say "я учу сложную тему по философии", OR "я сейчас прохожу сложный раздел философии". 2. "... в то время как на самом деле я имею в виду..." "... но на самом деле я хочу сказать, что ..." "Я обычно говорю что это простой тест, но подразумеваю что на самом деле он сложный". "Хотеть сказать" is a useful and pretty common phrase, it means "to mean something": "Я хочу сказать, это хороший вопрос!" = "I mean, this is a good question!" "Что ты хочешь сказать?" = "What do you mean?" == also equal to: "Что ты имеешь в виду?".