Ambas posibilidades son correctas. Lo que cambia es el foco temporal de la información: "Me dijeron ayer que ya se pueden consultar las notas." hace foco en la posibilidad presente de consultar (ahora se puede, antes no se podía). "Me dijeron ayer que ya se podían consultar las notas" hace foco en que la posibilidad de consultar era anterior al momento en que se preguntó y que esa posibilidad sigue vigente (antes de que preguntaras se podía y ahora también se puede).

Eso depende de cuándo se pueden consultar las notas. “Podían” implica que las notas sólo se podían consultar en el pasado. “Pueden” implica que las notas se pueden consultar ahora, en el presente.