Скажите: "Я скучаю по тебе, дорогой друг". Ей будет приятно, но ничего лишнего она не подумает.

Согласна с Igor. Можно выразить своё отношение к ней более нейтрально. Например: Мне нравится (мне приятно) с тобой общаться. Я рад видеть (слышать) тебя!

Возможно она так подумает :) Обычно так говорят родственникам и близким людям.

Можно ли? Нужно! :) Когда мне друзья говорят "я скучал по тебе" это не несет никакой любовной подоплеки. По другу можно скучать, ведь на то он и друг! :)

С подругой такое выражение лучше не употреблять, более подходящие к ситуации выражения: Рад видеть тебя! Приятно снова с тобой поговорить! Счастлив снова пообщаться с тобой! Дружески скучал по тебе! Приятно иметь такого друга (собеседника) как ты! и т.д.