"С тобою" is an outdated variant of this form (Instrumental case). It is used mostly in poetry now.

Используйте только "с тобой", чтобы не было путаницы.

Такой вопрос здесь уже был, только давно. ''С тобою''-это высокий, возвышенный стиль, употребляется в основном в стихах. ''С тобой''-нейтральный стиль, употребляется в живой, разговорной речи.

Ничем абсолютно не отличаются, но "с тобою" употребляется редко, в основном только если надо зарифмовать строчку.