Entrambe le preposizioni, "di" e "in", possono indifferentemente indicare la materia. Il "di" deriva direttamente dal latino "de", l' "in" è mutuato dal francese "en". Per le sfumature riporto quando detto dal Prof. Giovanni Nencioni in un intervento su "La Crusca per voi": "... direi che «un pavimento di legno» è espressione in sé completa e corretta perché qualifica la materia di cui il pavimento è formato, al pari di «un orologio d’oro», «posate d’argento», «scrivania di noce» ecc. Invece, «una statua in legno» serve ad attirare l’attenzione sulla materia di cui è composta e sulla tecnica della sua lavorazione, oppure ad inserirla in un inventario di oggetti identificati materialmente. Sarebbe comunque bene completare l’espressione «in legno» con la forma verbale pertinente, ... «scolpita in legno»".

Scarpe in pelle è più "ufficiale". Meglio questa versione

Ciao, intanto ti correggo la domanda: "Quale è giusto? Scarpe in pelle o scarpe di pelle? E qual'è la differenza tra di loro?" Per risponderti, si dice in entrambi i modi, non so se uno sia uno più giusto dell'altro grammaticalmente, io personalmente preferisco dire "scarpe in pelle" :)