Acho que a pergunta faz sentido em situações como: "deixei o copo em cima da mesa" e você pode ouvir também "deixei o copo na mesa" E ambas as frases tem o mesmo sentido. É esse o caso?

em + a = na em + o = no It works for the variantions too em cima da = na em cima do = no em cima da mesa = na mesa em cima do sofá = no sofá dentro da = na dentro do = no dentro da gaveta = na gaveta dentro do roupeiro = no roupeiro and goes on...

As Liica said, it is really hard to figure out 'em cima na/no'. Can you give examples you've seen/heard?

Well, I don't see how "Em cima na/no" works. It sounds really weird! I've never listened it. Give me some examples, maybe I can help you understand.