This is better that the other:

1) Dari apa yang dia bilang, aku tahu mereka pintar

Or you can said like this :

1) Dari apa yang dia katakan, saya mengetahui bahwa mereka pintar .

'Dari yang ............' 1) Dari apa yang dia bilang/katakan, aku tahu mereka pintar 2) Dari yang dia bilang/katakan, aku tahu mereka pintar 3) Dari yang apa dia bilang/katakan, aku tahu mereka pintar From what he said, I knew that they were clever!! Is there any difference in the meaning of the above 3 sentences. Is one better than the other or is there another way to say this sentence better?

'Dari yang ............'

1) Dari apa yang dia bilang, aku tahu mereka pintar

2) Dari yang dia bilang, aku tahu mereka pintar

3) Dari yang apa dia bilang, aku tahu mereka pintar 
 
From what he said, I knew that they were clever!!
Is there any difference in the meaning of the above 3 sentences.
Is one better than the other or is there another way to say this sentence better?

--------

Honestly, the 3 sentences are acceptable. But for me personally, no.1 & 2 are more natural than no.3.

Above the three there weren't any diffence in meaning. (i highlighted the words that has meaning both english and bahasa) All the same.

1) Dari apa yang dia bilang, aku tahu mereka pintar   

This is correct.

2) Dari (apa) yang dia bilang, aku tahu mereka pintar

When the speaker says this, the "apa" is omitted which is normally done.

3) Dari yang apa dia bilang, aku tahu mereka pintar

Incorrect.