A couple of words about the first sentence:

"Бы" чаще всего употребляется с глаголами в прошедшем времени (а также с инфинитивами, предикативами, причастиями и т.д.), но не с глаголами в настоящем времени. Тем не менее, вопрос этот можно задать различными способами. Например:

1. Ты не могла бы накрыть на стол, пожалуйста? ("не могла бы накрыть": the negative particle "не" + the verb "мочь" (be able, can) in the past tense, feminine + the particle "бы" which is used to render conditional and subjunctive patterns + the verb "накрыть" (perfective) in the infinitive form). 

As for the word order, you can also say,

Не могла бы ты накрыть на стол, пожалуйста? (no difference in meaning if you don't change the intonation)

Ты бы не могла накрыть на стол, пожалуйста? (sounds slightly irritated to me, there's more emphasis on "can" here, in my opinion - though it's kind of subjective)

2. Не накроешь на стол, пожалуйста? ("не накроешь": the negative particle "не" + the verb "накрыть" in the future tense, 2d singular). Usually there's no need to use the pronoun "ты" here since it's already clear from the conjugation that you mean "ты" but you can add it in the beginning of the sentence if you want to,

Ты не накроешь на стол, пожалуйста?

3. Накроешь на стол, пожалуйста? The same as in the previous sentence but no negative particle. This kind of phrase can be used if you're really expecting this person to do it, it's much closer to the imperative form.

4. Накрой на стол, пожалуйста. ("накрой": the imperative form of the the verb "накрыть" (singular). No need to use the pronoun "ты" here; moreover, I would say that "ты" with the imperative may sound a bit rude sometimes. So, if you want to be on the safe side, don't use it.

It's a difficult grammar point, but there are some patterns here so I'm sure you'll master it. Keep up the good work! :)

Во время завтрака

Аня: Должен ли я? Почему я?

Вова: Да, молодец. (???)

Аня: Ты такой босс. Ты так любишь командывать.

Вова: Аня, прекрати бегать, пожалуйста!

Аня: Нет, ты не можешь сказать мне, что делать! Не надо мне указывать!

Вова: Садись и ешь свой завтрак: ты опоздаешь в школу.

Аня: Ты не можешь сказать мне, что делать: ты не мама! Ты не можешь указывать мне что делать, ты не мама!

Вова: Садись! Что с тобой? Почему же ты ёрзаешь?

Аня: Я не хочу садиться, так что не буду.

Вова: Мама сказала, что я отвечаю за тебя, и ты сделаешь, как я говорю, или она рассердится.

Аня: Мне все равно, я не голодна.

Вова: Послушай, твой твоя каша на столе, ты накрыла на стол …

Аня: Мне все равно, я хочу играть.

Вова: Послушай, даже твой мишка сидит на столе за столом. Теперь, пожалуйста, сидишь ли ты на стуле? Садись за стол.

Аня: Но он причиняет мне боль. (?) мне больно на нем сидеть.

Вова: Что?

Аня: Он причиняет мне боль, я не хочу садиться.

Вова: Что с тобой? Теперь, сиди на стуле и перестава́й быть непослу́шна. непослушной

Аня: Я не могу …

Вова: Это потому, что ты оставила вилку на стуле, глупыйая!

Аня: Ах, вот оно что!

Вова: В следующий раз, ты бы накрываешь накрывай на стол правильно, и ты постараешься не будешь сидеть на своей вилке?.

Аня: Угу, я попробую! (?)я постараюсь