Как обычно, все зависит от контекста. "Опоздать" значит прибыть куда-то позде необходимого срока или не успеть сделать что-то к какому-то нужному времени. "Пропустить" какое-то событие значит не явиться туда, куда нужно было явиться. Причина может быть самая разная. Например, Вы можете сказать: "Я вчера должна была лететь в X, но я передумала и пропустила свой рейс". В данном случае,  речь не идет об опоздании.

Как по-русски "I missed my flight"?

Что лучше, "Я опоздала на самолёт" или "я пропустила свой рейс"?

Expression "I missed" has double meaning in Russian. Both variants are possible.

The difference is that "Я опоздала на самолёт" means "to arrive late to to the airport". In this case we don't know if you caught the plane or not.

 But "Я пропустила свой рейс" means that i didn't go by plane.

Есть два значения на русском языке. В первом случае, это "приехать поздно в аэропорт, но, возможно, попасть на рейс".

Во втором случае, это означает "пропустить самолёт, рейс, не полететь".

Что лучше, "Я опоздала на самолёт" или "я пропустила свой рейс"? I think I missed like я пропустила, i lated like я опоздала.