Puedes preguntar así:

¿Te ayudo? (es correcto)

Aquí la pregunta está hecha en presente: Yo ayudo, Tú ayudas, Él ayuda, Nosotros ayudamos, Vosotros ayudáis, Ellos ayudan.  (te) se refiere a tú ¿Te ayudo? es una forma directa de preguntar.

¿Quieres que te ayude? (no es necesario poner (tú) aunque podrías poner (tú) si quieres reforzar la pregunta. Al tener un "que" hacemos la pregunta usando el subjuntivo. Yo ayude, Tu ayudes, él ayude, nosotros ayudemos, vosotros ayudéis, ellos ayuden. 

¿Quieres que te ayudemos? (Nosotros te queremos ayudar (a tÍ) (deseamos ayudarte)

¿Te ayudamos? (pregunta directa)

I know...it is a little bit difficult, but you only need to practise!!! Have a nice day!!! 

una pregunta

Para la frase, "¿tú quieres que te ayude?" <<<I would say><<"¿Quieres que te ayude? " <<sounds more natural<< 
Por que no es, "¿tú quieres que te ayudo?" <<<"Ayudò" es el pasado (past tense) de "ayudar" <<a correct phrase for this word would be<<< ¿Jose te ayudò ayer con la tarea?<<<

¿Puede decirme por que la segunda es malo? <<<"¿Pueden decirme porque la segunda està mala?<<

¡Gracias!