La diferencia es lo que distingue al indicativo del subjuntivo: el indicativo es una declaración; el subjuntivo no.

Indicativo

Aunque él es muy joven-> Declaramos que él es muy joven, es un hecho.

Subjuntivo

Aunque él sea muy joven -> Quizás es joven; quizás no. No lo sé, o simplemente prefiero no decirlo.

En la primera, es un hecho que él es joven. En la segunda, plantea una posibilidad: quizas es joven o quizas no. 

Por lo tanto ambas son correctas, solo depende lo que quieras expresar. Para mi gusto "Aunque él es muy joven" es la correcta, ya que el sentido de la oración es que él sabe todo a pesar de ser muy joven, por lo tanto tenemos la certeza de que él es joven. 

Una pregunta (1).

¿Cúal es la correcta?

1. Aunque él sea muy joven, lo sabe todo.

2. Aunque él es muy joven, lo sabe todo.

¡Gracias! Y si me pudieran dar la explicacion para la correcta, ¡les agredeceré más!

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Ambas son correctas. Me parece muy bien la explicación que te ha dado Nico.