Lo cierto es que yo que hablo español como lengua nativa y no habia caido en que ciertamente para los que aprendeis español como segunda lengua el subjuntivo puede aparecer incongruente, y sin sentido a la hora de formarse y usarse, ¿ideas sobre como aprenderlo? lo cierto es que pocas, quizas aprendiendote las formas subjuntivas de los verbos que mas suelen ir en ella y las expresiones o frases que todo el mundo emplea en subjuntivo; por ejemplo se suele usar subjuntivo cuando en las oraciones se expresa: 

A) un deseo: Ojalá (que), Desear/querer/esperar que..., Pedir/rogar/solicitar que..., Ordenar/exigir/prohibir/impedir/permitir que..., Aconsejar/proponer/recomendar que..., Sugerir/decir/aceptar/admitir que: Mi madre quiere que estudie medicina

B) la duda: No creo que llegue a tiempo

C) En las oraciones en als que aparecen expresiones tipo como: es probable que, cuando, es interesante que...

d) En el genero literario, se empleaban mucho las formas del subjuntivo

Pero en mi opinion, quizas la mejor forma de aprender cuando se usa sea hablar mas en español y escuchar mas, llegara un momento en el que domines la lengua y tal y como nos pasa a los que somos nativos, no pensamos en que forma verbal emplear al hablar solo lo hacemos porque sabemos que se dice asi y no de otra manera, asi que lo dicho, te aconsejo que escuches y hables todo lo que puedas, siento no poder darte mejor respuesto. ¡Animo con ello!