Наполнить можно ёмкость (ведро, вазу, бак и т.д.) полностью или только наполовину (или меньше). Заполнить - значит занять чем-то ПОЛНОСТЬЮ. (Студенты заполнили аудиторию. Водитель заполнил бак бензином). Заполнить (но не "наполнить") можно анкету или другие документы.

в примере со студентами можно сказать так: студенты заполнили аудиторию на четверть, что так же правильно. а наполнить действительно можно только какой-либо объем чем-либо. а заполнить, как мне кажется, можно не только объяем.

Не задумывался над этим - наверное нет разницы, скорее это зависит от стилистики речевого оборота. P.S. "смешаю" - правильно говорить "путаю".

наполнить можно емкость заполнить анкету например вообще толкование похоже конечно, тут и не объяснишь чувствовать надо.