Hola Silvia: El enunciado correcto es "En mi jardín está el único árbol tropical de todo el país". En español, no colocamos un artículo determinado (el, la, los, las, lo) después del verbo "haber" (en tu ejemplo, "hay").

Hola puede ser que las dos son correctas pero la opción dos me parece la forma más natural ya que la primera no suena de manera natural

Ambas están bien. Para que suene más formal podrías decir "En mi jardín se encuentra el único árbol tropical de todo el país".

- En mi jardín hay un único árbol tropical en todo el país - En mi jardín está el único árbol tropical de todo el país

ambas me parecen correctas aunque personalmente me inclinaría más por "se encuentra"