"Как лучше всего <сделать что-то>?" and "Как лучше <сделать что-то>?" are more popular ways to say it, but you can use "Какой лучший способ <сделать что-то>?" or "Каким способом лучше <сделать что-то>?" in same cases. They are interchangeable.

Лучший и лучше — это степени слова "хороший": сравнительная — "лучше" и превосходная — "лучший". Это слово обозначает, что предмет или способ обладает такими непревзойденными характеристиками, что выше всяких похвал. То есть идеальный, избранный. Из-за развития рекламы и попытки производителей выделить свою продукцию на фоне остальных, из-за желания людей усилить значение чего-то или кого-то в разговорном (бытовом) стиле, постепенно прижилось ошибочное добавление к словам "лучший и лучше" - "самый лучший и лучше всего". Но желательно говорить без этих слов: Лучший друг. Он лучше, чем другие люди? Мне так будет лучше. А как будет лучше для тебя? Это лучший способ. Так будет лучше?

"Как лучше всего" is correct. But "Как лучше" is more natural.