Las dos opciones son correctas y aunque depende del contexto, probablemente se use un poco mas la expresión "una pequeña diferencia". La expresión "una diferencia pequeña" pienso que se utiliza cuando nos referimos a algo muy concreto, mientras que "una pequeña diferencia seria para cosas mas generales", aunque podrias usar las dos indistintamente y se te entenderia perfectamente. Saludos cordiales.

¡Hola! ambas opciones son correctas, y se escuchan bien solo depende del contexto que utilices por ejemplo: "Hay una diferencia pequeña entre los dos artículos", y también puedes cambiar el orden de las palabras para que se escuche mejor de esta manera "Hay una pequeña diferencia entre esos dos art]ículos", "Existe una pequeña diferencia en la opinión de las personas", espero que esto te ayude un poco :3

Hola ! A mi sinceramente me suena mejor "pequeña diferencia" :)