Ambas formas se corresponden con el llamado "Pretérito imperfecto de indicativo" Este tiempo verbal se usa para describir hechos no terminados en un momento del pasado (Juan pensaba en su porvenir) y también se usa para recordar lo que estaba pasando en un momento concreto del pasado (Juan estaba pensando en su porvenir) Ambas formas son correctas.

this is what wiki has to say about this topic: Uses of the imperfect This tense is used to express the following: - Habitual action in the past: This use expresses an action done habitually in an indefinite past. It does not focus on when the action ended. Cuando era pequeño, hablaba español con mi abuela = "When I was young, I spoke Spanish with my grandmother" - An action interrupted by another action: This expresses an action that was in progress when another action took place. Tomábamos la cena cuando entró Eduardo = "We were having dinner when Eduardo came in" - General description of the past: This expresses a past setting, as, for example, the background for a narrative. Todo estaba tranquilo esa noche. Juan Eduardo miraba el partido de fútbol con su amigo Alejandro. Comían unas porciones de pizza. = "Everything was calm that night. Juan Eduardo was watching the football match with his friend Alejandro. They were eating some slices of pizza."

Podrías dar las dos opciones. También puedes decir ... Juan estuvo pensando en su porvenir.