No es más natural. Tú tienes que usar uno u otro, los casos que planteas son tiempos gramaticales distintos, ninguno se puede reemplazar mutuamente. Tiempo indicativo presente ¿Estas bien? ¿Esta en casa? Yo estoy bien. Tiempo subjuntivo presente (expresa posibilidad, duda, entre otros) ¿Estés bien? ¿Este en casa? Yo esté bien. (incorrecto) ¿Espero -tu- estés bien? ¿Espero -ella- esté en casa? Es posible que -yo- esté allí. Espero te haya servido Esteban :)

Esas frases que mencionas no suenan naturales, así como los textos lo indican se dice también en la cotidianidad. Tal vez te confundiste con otas frases como "Que estés bien", que es una frase que se usa al despedirse y usa subjuntivo ("Estés") porque es un deseo, pero como pregunta, del modo en que lo escribiste, realmente no creo que alguien hable así.

La manera correcta de usar el verbo estar en presente sería la primera ''¿Estas bien? ¿Esta en casa? Yo estoy bien. ''. Espero que te haya ayudado :D.