Ohne Kontext kann ich nur spekulieren. Ein Empfehlungsbrief ist, wenn jemand schreibt, dass du gute Fähigkeiten hast und die empfehlen kann. Zum Beispiel kann ein Professor für einen Studenten schreiben, dass er findet, dass der Student sehr fleißig und kompetent ist und er den anderen Professoren diesen Studenten empfehlen kann. Hier ein Beispiel: https://www.mba-master.de/master/bewerbung/empfehlungsschreiben/muster-empfehlungsschreiben.html Eine Referenz ist, wenn du einen Beweis für eine Fähigkeit hast. Zum Beispiel ein Zeugnis, dass du eine Ausbildung gemacht hast, oder ein Programm, das zeigt, dass du programmieren kannst. Man kann sagen: Das Empfehlungsschreiben hat eine konkreten Adressaten. Zum Beispiel: Professor A schreibt an Professor B, dass der Student gut ist und er den Studenten empfehlen kann. Die Referenz zeigt nur, was du gemacht hast: Zum Beispiel: Das Zeugnis von der Universität zeigt, dass du Informatik studiert hast. Das Praktikumszeugnis zeigt, dass du in Firma XY gearbeitet hast. Die Projekte in deinem Portfolio zeigen, dass du kompetent bist.

In diesem Zusammenhang, kein Unterschied. "Referenz" ist einfach ein Fremdwort für das dt. Wort "Empfehlung".