Las dos son correctas. El uso depende del significado del verbo "pensar". 1.- Si usas "pensar" en el sentido de "creer" : necesitas el subjuntivo cuando la oración es negativa. 2.- Si usas "pensar" en el sentido de desarrollar un pensamiento: puedes usar el indicativo.

1. No pensaba que trabajaran(trabajasen) en una fabrica. 2. No pensaba que trabajaban en una fabrica. La correcta es la 2. Ejemplo: "no pensaba que trabajaban en una fábrica, pero cuando logré llegar los encontré ahí"

La primera