差 in this case means "worse" or "inferior" when comparing it to something else. 可是小商店的東西不一定比大商場的差。 (But a small store's things are not necessarily worse/inferior than a big department store's."

here it means "bad, worse" 可是 小 商店 的 东西 不 一定 比 大 商场 的 差。 = but things from small stores are not necessarily worse than from big stores

“差”在这个句子里是指：质量不好。 原文意思是：小商店卖的商品质量不一定比大商场卖的商品质量不好。 也就是说：小商店卖的一部分商品质量很好。

http://www.nciku.com/search/zh/detail/%E5%B7%AE/4133