It usually means: I cannot help you with that problem. Or: It is up to you to solve the problem.

When people tell you that "you're on your own" it usually means that it's up to you to make your own decision on something or that the other person does not want to get involved in the situation and that they expect you to resolve the given situation on your own.

Завасит от контекста. Это вроде как сказать, "тебе не могу помогать." Обычно мы это говорим если кто-то хотет делать что-то, и другой человек думает, что это плохая идеа. Например: -Хочешь ли ты убить собаку моего соседа?- -Ничего себе, бро, *you're on your own!* Надеюсь, что это полезное объяснение.