В русский язык это можно отрицать глаголом или наречием. Например, вы можете сказать "Я знаю историю не очень хорошо" (отрицание наречие) Или вы можете сказать: "Я не знаю историю очень хорошо" (отрицание глагола) В английском языке это не возможно отрицать, наречие, только глаголом. “I do not know history very well " Но вы можете также сказать, "I know history, but not very well". В этом случае вы не отрицая наречие, вы отрицаете глагола "to know". Глаголом «to know» подразумевается в предложении. Так что это все равно что сказать "I know history, but (I do) not (know it) very well"

Because when someone asks "Do you speak English?" you need to use the verb do. I do not speak or I do speak. The adverb not is in relation to the verb speak. Therefore the not should be after the do.

An adverb if frequency goes before the verb. "Doesn't" counts as a frequency even though its zero frequency. http://www.ego4u.com/en/cram-up/grammar/word-order/adverb-position

I don't know what the actual reason would be. Some things are just intuitive.