Оба предложения верны грамматически, но различаются по смыслу. Это грамматический вопрос, с которым я не могу разобраться. Ся - возвратная частица, которая прибавляется к глаголу, когда действие направлено на самого говорящего. "Не могу разобраться" - я не могу понять материал сам, не могу разобраться в нем самостоятельно, мне нужна помощь. Это грамматический вопрос, которого я не могу разобрать. Вы не можете объяснить материал кому-то другому. Например, если вы учитель и читаете лекцию студентам, но до конца лекции осталось мало времени. Вы можете сказать, что остался один вопрос, но вы не успеваете его разобрать, и студентам придется поработать с ним самостоятельно.

In this context разобрать means to study, analyse. Разобраться means "to understand"

The first option is correct. The second option sounds a bit incorrectly.

Всё зависит от контекста. Оба варианта верные, только нужно исправить: Это грамматический вопрос, который я не могу разобрать.

• Это грамматический вопрос, которого я не могу понять.