I can imagine several translations depending on context. For a simple sentence like 'I have (only) his best interests at heart' possible translations may be: Я только о его интересах и пекусь. Я желаю ему только добра.

С чистыми намерениями; от чистого сердца; искренне желать добра.. Could you write some sentences with these words and we'll try to translate them properly. I'd like to see it in context.

This one is tricky, it requires a context and the rest of the sentence to fall into place to make it sound natural. Ekaterina gave a the best answer in my opinion. We'd rather say we never wished anything bad to happen, or always wished well. Я не желал .... (зла, ничего плохого / дурного) However, here are some more literal examples for you: Я заставляю сына учить уроки для его же (собственной) пользы. Всё что я делал, было только в его интересах. Чёткое соблюдение интересов клиента контролируется отделом риск-менеджмента.

Several variants are possible, they are sligtly different in their meanings, you may choose any of them, depending on the certain context: Иметь в виду их пользу. Заботиться об их интересах. Учитывать их выгоду. (делать что-то), заботясь об их [выгоде / интересах / пользе / благе ] (делать что-то) с заботой об их [выгоде / пользе / благе] (делать что-то), [учитывая / имея в виду] их [выгоду / интересы / вкусы / пользу / благо ] (делать что-то) с учётом их [выгоды / интересов / вкусов / пользы etc.]