La respuesta es que la tercera 会社へは何で行っていますか es correcta aunque yo diría 会社へはどうやって行っていますか si hablo del transporte, de "cómo vas a la empresa", para aclarar "por qué" y "cómo". 会社は何でへ行っていますか。y 会社へ何では行っていますか。son incorrectas. Espero que te ayude.

会社へはどうやって行っていますか？←This is right お互い言語勉強がんばりましょう！

会社までの通勤方法を教えて頂けますか。