来る = verb 来るの = noun (like a gerund in English) あなたが来るのを is the object of 待っています.

If you wait or know that someone will to do, you use　【のを】。 I'm waiting for she will finish the homework. 私は彼女が「宿題を終える」【のを】待っています。 I know that he will come here. 私が彼がここにくる【のを】知っています。 In this case, you can also use　【ことを】 instead of 【のを】。

[朝]　を　待っています。 [朝になるの]　を　待っています [あなた]　を　待っています。 [あなたが来るの]　を　待っています。 [朝]and [あなた] are noun. [なる]and[来る]are verb. You need to put の in order to make a verb clause into a noun clause.　Once you make a noun clause, you can use it just like normal nouns. 私は　[バナナ]　が　好きです。 私は　[バナナを食べるの]　が　好きです。 [日本語]　は　むずかしいです。 [日本語で話すの]　は　むずかしいです。 [宿題]　を　忘れました。 [宿題を持ってくるの]　を　忘れました。