ottima la spiegazione di Massimo.

Per quanto riguarda il tuo esempio:

Ieri ho incontrato Giulia, credo andasse al mare(non so se ci sia andata)

Ieri non ho incontrato Giulia, credo sia andata al mare( non so se ci sia andata)

Direi che le idee le hai già abbastanza chiare.

Come norma, regolati in questo modo:

- se nella frase principale c'è il presente
usi il congiuntivo presente per la contemporaneità (nel presente): "Credo che Giulia vada al mare"
usi il congiuntivo passato per l'anteriorità: "Credo che Giulia sia andata al mare"

- se nella frase principale c'è il passato (passato o imperfetto):
usi il congiuntivo imperfetto per la contemporaneità (nel passato): "Credevo che Giulia andasse al mare"
usi il coniuntivo trapassato per l'anteriorità: "Credevo che Giulia fosse andata al mare".

Ricorda che le eccezioni sono, in italiano, sempre dietro l'angolo.

Il congiuntivo (a prescindere dal tempo che usi) è il modo che esprime incertezza, dubbio, desiderio. Si contrappone all'indicativo che invece è sempre il tempo della certezza.

Il congiuntivo si usa quasi sempre nelle frasi dipendenti. Qualche volta lo trovi anche sa solo:
- al presente, per esprimere esortazione o invito ("entri pure", "si accomodi", "venga qui", "Dottore, mi dica tutto")
- all'imperfetto, per esprimere desiderio ("ah, se potessi avere tanti soldi!"), anche se in questo ultimo caso, c'è una principale ("come sarebbe bello se") che viene data per sottintesa, e quindi si rientra nel periodo ipotetico.

(Una questione del genere è meglio se la pubblichi nella sezione delle domande. Ciao!)